Bij de Nierstichting zijn ongeveer vijftig medewerkers werkzaam. Deze medewerkers worden aangestuurd door het managementteam van de Nierstichting. De medewerkers van de Nierstichting ondersteunen het werk van de vrijwilligers en zorgen voor continuïteit in het werk. Dat betekent onder andere dat zij:
Het streven van de Nierstichting haar organisatie zo efficiënt mogelijk in te richten, levert concrete resultaten op. Het uitgangspunt hierbij is beheersing van de omvang van het personeelsbestand. Dit betekent dat vacatures niet meer automatisch worden ingevuld en dat uitbreiding uitsluitend plaatsvindt mits op sleutelposities onvoldoende bezetting is. Het personeelsbestand nam in 2009 fractioneel af tot een aantal van 44,1 FTE. Ondanks de in 2009 toegekende prijscompensatie van 2,5 procent steeg de post Personeelskosten met slechts 0,4 procent ten opzichte van het jaar ervoor.
De in 2008 getroffen maatregelen ter beteugeling van het verzuim hebben nog onvoldoende tot het beoogde resultaat geleid; het verzuimcijfer daalde in 2009 licht naar 6 procent. De interne doelstelling blijft gehandhaafd op een verzuimpercentage van 4 procent, gelijk aan of onder het landelijke gemiddelde.